第1章 绪论1   11 食品微生物学的历史2 111 食品微生物的发现2 112 食品微生物学的发展历史3   12 食品分子微生物学的发展5 121 分子生物学的发展5 122 食品分子微生物学发展中重要的分子生物学技术6   13 食品分子微生物学的研究内容与应用8 131 食品微生物的分子鉴定8 132 食品微生物的基因组学9 133 食品微生物的群体生态分子机制9 134 食品微生物的特殊存活状态及其分子机制10 135 食品微生物对胁迫环境的应激性反应10 136 食品微生物的分子改良11 137 食品微生物的分子检测技术12   复习思考题13   参考文献13 第2章 食品微生物学常用的分子生物学技术14   21 核酸提取技术15 211 核酸的分类与存在形式15 212 核酸的提取18 213 核酸的检测19   22 聚合酶链式反应（PCR）技术22 221 PCR技术的发展简史22 222 PCR技术的原理23   23 分子克隆技术26 231 分子克隆技术原理26 232 工具酶26 233 基因载体38 234 基因表达系统44   24 同源重组技术48 241 RecA同源重组系统48 242 RecE同源重组系统49 243 Red同源重组系统49   复习思考题50   参考文献50 第3章 食品微生物的分子鉴定与分型52   31 食品微生物分类方法概述53   32 rRNA序列分析53 321 16S rRNA和18S rRNA的序列分析53 322 NCBI 数据库55   33 非rRNA序列分析56 331 肠杆菌基因间保守重复序列56 332 规律成簇间隔短回文重复序列分析57 333 内转录间隔区57 334 葡萄球菌A蛋白基因58 335 多位点序列分析58 336 基于看家基因的弧菌鉴定法59   34 分子分型技术60 341 脉冲场凝胶电泳分析60 342 限制性片段长度多态性分析61 343 扩增片段长度多态性分析61 344 随机扩增多态性 DNA分析61 345 单链构象多态性分析62 346 PCR电喷雾电离质谱分型技术62 347 多位点可变数目串联重复序列分析63 348 不同分型方法的联合应用63   复习思考题63   参考文献64 第4章 食品微生物的基因组学65   41 基因组学的定义66   42 食源性致病菌的基因组学66 421 大肠杆菌和志贺氏菌的基因组学66 422 沙门氏菌的基因组学69 423 李斯特菌属的基因组学70 424 葡萄球菌的基因组学72 425 致病性弧菌的基因组学73 426 致病性芽孢杆菌基因组学77   43 食品中有益菌的基因组学79 431 乳酸杆菌的基因组学79 432 乳酸乳球菌的基因组学83 433 嗜热链球菌的基因组学85 434 双歧杆菌的基因组学86   复习思考题87   参考文献87 第5章 食品微生物的群体生态分子机制89   51 宏基因组90 511 宏基因组的概念90 512 宏基因组研究方法91 513 微生物宏基因组学在食品科学研究中的应用95   52 群体感应100 521 微生物群体感应的概念100 522 群体感应的分子机制100 523 群体感应的生物学效应103 524 群体感应干扰及其在食品质量安全控制中的应用108   53 基因水平转移113 531 微生物的可移动遗传元件113 532 基因水平转移的方式与机制116 533 基因水平转移的作用与影响119   复习思考题120   参考文献120 第6章 食品微生物的特殊存活状态及其分子机制122   61 芽孢123 611 芽孢的概念及特征123 612 芽孢的形成及其分子机制125 613 芽孢的萌发及其分子机制128 614 食品中芽孢的控制方法130   62 生物被膜135 621 生物被膜的特征135 622 生物被膜的形成及其分子机制137 623 生物被膜的控制方法140 624 生物被膜的检测方法142   63 活的但不可培养（VBNC）菌143 631 VBNC菌的特征143 632 食品中VBNC菌的产生146 633 VBNC菌的复活150   复习思考题154   参考文献155 第7章 食品微生物对胁迫环境的应激性反应156   71 微生物热应激机制157 711 微生物热应激简介157 712 热激蛋白157 713 海藻糖159 714 应激糖蛋白160   72 微生物冷应激机制160 721 微生物冷应激简介160 722 脂肪酸成分的改变161 723 溶质跨膜转运系统162 724 冷激蛋白162   73 微生物高渗透压和干燥应激机制164 731 高渗透压和干燥对微生物的影响165 732 微生物高渗透压应激机制165 733 微生物干燥应激机制172   74 微生物酸胁迫应激机制172 741 微生物酸胁迫简介172 742 改变细胞壁和细胞膜的成分173 743 质子泵173 744 脱羧反应和脱氨基反应174 745 改变基因表达及蛋白调控174 746 热休克蛋白对细胞酸胁迫的保护机制174   75 微生物氧化胁迫应激机制175 751 氧化胁迫简介175 752 抗氧化酶清除剂176 753 非酶清除剂180   76 微生物辐射胁迫应激机制180 761 微生物辐射胁迫简介180 762 细菌对辐射胁迫的应激机制181 763 真菌对辐射胁迫的应激机制182 764 以极端微生物耐辐射奇球菌为例的抗辐射应激机制183   77 微生物其他应激机制185 771 营养胁迫185 772 胆汁胁迫与应激186 773 重金属胁迫与应激186   复习思考题187   参考文献187 第8章 新兴分子生物学技术在食品微生物中的应用188   81 新一代测序技术189 811 测序技术的历史及第一代测序技术189 812 新一代测序技术192 813 新一代测序技术在食品微生物研究中的主要应用199   82 组学技术204 821 基因组学204 822 转录组学209 823 蛋白质组学214   83 新型基因组编辑技术220 831 新型基因组编辑技术概述220 832 ZFNs技术220 833 TALENs技术221 834 CRISPR/Cas系统222 835 三种编辑技术的比较224   复习思考题224   参考文献225 第9章 食品微生物的分子改良227   91 概述228   92 食品微生物分子改良的基本原理228   93 食品微生物分子改良的技术方法229 931 优良菌株的诱变选育230 932 靶基因高效表达工程菌株的构建231 933 细胞表面展示技术242 934 蛋白质的体外定向分子改造248 935 代谢途径改造249   94 食品微生物工程菌株的应用251 941 食品微生物工程菌株生产工业原料251 942 食品微生物工程菌株生产酶制剂253 943 食品微生物工程菌株生产功能分子254 944 食品微生物工程菌株改善发酵食品的风味与品质254   复习思考题255   参考文献256 第10章 食品微生物的分子检测技术258   101 PCR及其拓展检测技术259 1011 PCR检测技术259 1012 实时荧光定量PCR检测技术260 1013 核酸染料结合实时荧光定量PCR的活菌检测技术262 1014 多重PCR检测技术263 1015 环介导等温扩增技术265   102 荧光原位杂交（FISH）技术266 1021 FISH技术的原理266 1022 FISH技术的发展267   103 酶联免疫吸附测定（ELISA）269 1031 ELISA的原理269 1032 ELISA技术的分类与应用270   104 生物传感器271 1041 光学生物传感器272 1042 电化学生物传感器274 1043 压电生物传感器274   105 基于噬菌体的检测技术275 1051 荧光噬菌体检测技术275 1052 其他噬菌体检测技术275   106 生物芯片检测技术276 1061 微阵列芯片276 1062 液体芯片277   复习思考题278   参考文献278