第1章 药物晶体学概述 //001
1.1 晶体学概述 001
1.1.1 X射线衍射 001
1.1.2 中子衍射 002
1.1.3 电子衍射 002
1.2 晶体学的发展历程 003
1.2.1 X射线衍射分析相关的诺贝尔奖 003
1.2.2 我国X射线晶体学的发展历程 004
1.3 药学概述 005
1.4 晶体学与药学的关系 005
1.5 药物晶体学的研究范围 008
1.5.1 分子的手性对药效的影响 008
1.5.2 晶型对药物的影响 009
习题 010
参考文献 010

第2章 晶体 //012
2.1 晶体的概念和分类 012
2.1.1 物质的气态、液态和固态 012
2.1.2 单晶、孪晶、粉晶、准晶、液晶 016
2.2 晶体的对称性 018
2.2.1 晶体的特征对称元素-平移 018
2.2.2 晶体的宏观对称元素 019
2.2.3 晶体的微观对称元素 020
2.2.4 对称元素的组合 021
2.2.5 点群、晶胞和空间群 022
2.3 晶体生长 030
2.3.1 晶体生长原理 030
2.3.2 晶体生长的影响因素 030
2.3.3 有机分子晶体生长的常用方法 030
2.4 晶体的保存 033
习题 033
参考文献 034

第3章 X射线的产生和性质 //035
3.1 X射线的产生 035
3.2 X射线的性质 036
习题 037
参考文献 037

第4章 晶体对X射线衍射的原理 //038
4.1 衍射现象 038
4.2 劳厄发现晶体对X射线的衍射效应 039
4.3 布拉格父子发现晶体对X射线衍射的条件 039
4.4 X射线衍射原理 040
4.5 衍射信息的记录方法 041
4.6 晶体结构计算方法 043
4.7 单晶衍射分析的一般步骤 044
习题 044
参考文献 045

第5章 单晶衍射实验 //046
5.1 单晶的选择 046
5.2 单晶X射线衍射实验的步骤 046
5.3 单晶衍射实验的安全注意事项 047
习题 048
参考文献 048

第6章 应用Shelxs软件解析晶体结构 //049
6.1 Shelxs软件简介 049
6.2 Shelxs软件安装 050
6.3 Shelxs软件的使用 052
6.4 Shelxs软件的应用实例 053
习题 083
参考文献 083

第7章 应用Olex2软件解析晶体结构 //084
7.1 Olex2软件简介 084
7.2 Olex2软件安装 085
7.3 Olex2软件解析晶体结构的步骤 086
7.4 Olex2软件应用实例1 086
7.5 Olex2软件应用实例2 108
习题 112
参考文献 112

第8章 晶体中无序结构的处理 //113
8.1 无序概述 113
8.2 无序的种类 114
8.3 无序的处理方法 115
8.3.1 实例1 118
8.3.2 实例2 123
8.3.3 实例3 126
8.4 总结 134
习题 134
参考文献 136

第9章 使用Diamond软件绘制晶体结构图 //137
9.1 Diamond软件简介 137
9.2 结构导入 137
9.3 界面简介 139
9.4 绘图前的设置 140
9.5 绘图 142
9.5.1 绘制基本结构单元 142
9.5.2 绘制晶胞 143
9.5.3 绘制多个晶胞 143
9.5.4 绘制复杂图形 145
9.5.5 绘制简单拓扑图形 148
9.5.6 绘制复杂拓扑图形 149
9.5.7 分子三维结构图的绘制 149
9.5.8 空腔体积的绘制 152
9.5.9 分子相互作用的绘制 156
9.5.10 晶胞堆积图的绘制 160
习题 162
参考文献 162

第10章 单晶X射线晶体学在药学研究中的应用 //163
10.1 微量化合物、新化合物或全未知化合物的分子结构测定 164
10.2 以共晶方式存在的混合物分子结构测定 164
10.3 分子绝对构型的测定 165
10.4 构象分析 166
10.5 分子间相互作用分析　 166
10.6 原料药中溶剂分子的确定　 167
10.7 生物大分子及其复合物的结构测定　 167
10.8 计算机辅助药物分子设计 168
10.9 获得可发表的晶体数据 168
习题 169
参考文献 169

第11章 药物粉晶X射线衍射分析 //170
11.1 粉晶X射线衍射分析的发展历程 170
11.2 粉晶X射线衍射分析的基本概念 171
11.3 粉晶X射线衍射仪 173
11.4 粉晶X射线衍射分析在药学研究中的应用 174
11.4.1 基于粉晶X射线衍射技术的晶型药物定性鉴别 175
11.4.2 基于粉晶X射线衍射技术的晶型药物定量分析 176
11.5 粉晶X射线衍射分析与其他分析方法的联用 178
11.6 粉晶X射线衍射与单晶X射线衍射的对比 179
11.7 X射线与无定形物质的作用 181
11.8 粉晶X射线衍射分析实例 181
习题 188
参考文献 189

第12章 蛋白质晶体学与药-靶相互作用 //192
12.1 蛋白质晶体学概述 192
12.1.1 蛋白质的四级结构 192
12.1.2 蛋白质结构的测定方法 195
12.1.3 蛋白质晶体学的发展历程 196
12.2 蛋白质样品的准备 200
12.2.1 常用蛋白表达系统 201
12.2.2 蛋白质的提取、分离和纯化 202
12.2.3 蛋白质含量测定 205
12.3 蛋白质晶体培养 205
12.3.1 蛋白质晶体培养方法 205
12.3.2 蛋白质晶体培养过程 206
12.3.3 蛋白质晶体的辨别 207
12.3.4 蛋白质晶体培养条件的优化 208
12.4 蛋白质晶体衍射和数据解析 208
12.4.1 蛋白质晶体衍射数据的收集 208
12.4.2 蛋白质晶体衍射数据的解析 209
12.5 药-靶相互作用分析 211
12.6 蛋白质晶体结构解析实例 212
习题 213
参考文献 213

附录1 晶体衍射原始数据 //214

附录2 习题参考答案 //214